- Traxler, A. & Ellmauer, T. 1998: Verbreitung, Ausdehnung und Repräsentativität von Lebensräumen nach Anhang I der FFH-Richtlinie in Österreich. Im Auftrag des Bundesministerium für Umwelt, Jugend und Familie, 178pp.
- Ellmauer, T. 1999: Establishment of the NATURA 2000 Network in Austria - Site selection process. Lifeline Europe 9: 3-7.
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- Ellmauer, T. 1999: Lebensräume von gemeinschaftlicher Bedeutung - oft die große Unbekannte. In: Matouch, S. (Red.), Natura 2000. Eine Chance für den Naturschutz Europas! Schriftenreihe des BMUJF, Band 14: 111-117.
- Ellmauer T., Traxler A. & Ranner A. 1999: Nationale Bewertung des österreichischen Natura 2000-Netzwerkes. Stand: Oktober 1998. Umweltbundesamt, Reports 158: 87pp.
- Vrzal, W. & Ellmauer, T. 2000: Entwicklung einer effizienten Kartierungsmethode für Lebensraumtypen nach Anhang I der Fauna-Flora-Habitatrichtlinie im Rahmen des Life-Projektes Wildnisgebiet Dürrenstein. Im Auftrag des Amtes der NÖ Landesregierung, 30pp.
- Ellmauer, T. 2000: Erhebung von Lebensraumtypen nach Anhang I der FFH-Richtlinie. In: Fürnkranz, D.; Heiselmayer, P. & Hinterstoisser, H. (Hrsg.): Biotopkartierung in Bergregionen. Tagungsband. Naturschutz-Beiträge 23/00: 7.
- Ellmauer T., Dvorak M. & Sachslehner L. 2000: Mögliche Auswirkungen von Natura 2000 auf Wirtschaftsbetriebe in den Testgebieten Triestingtal und Leithaniederung bei Eggendorf. Im Auftrag der Wirtschaftskammer NÖ, 83pp.
- Ellmauer T., Dvorak M. & Sachslehner L. 2000: Naturschutzfachliche Beurteilung geplanter Trassenvarianten der A5 - Nordautobahn im Bereich des Natura-2000-Gebietes Weinviertler Klippenzone, Teilgebiet Drasenhofen.
- Ellmauer, T. 2001: Europäischer Naturschutz des 21. Jahrhunderts. Ländlicher Raum 1/01: 7-10.
- Ellmauer, T. & Traxler, A. 2001: Handbuch der FFH-Lebensraumtypen Österreichs. Umweltbundesamt, Monographie 130.
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- Ellmauer T., Dvorak M. & Sachslehner L. 2001: Gutachten zu den ökologischen Rahmenbedingungen hinsichtlich FFH- und Vogelschutz-Richtlinie zur geplanten Errichtung einer Untertagedeponie in den KGs Berg und Wolfsthal. Im Auftrag der Entsorgungsbergwerk Wolfsthal Planungs- und Errichtungsgesellschaft m.b.H.; 57pp.
- Essl, F.; Dvorak, M.; Ellmauer, T.; Korner, I.; Mair, B.; Sachslehner, L. & Vrzal, W. 2001: Flächenscharfe Erhebung, Bewertung und GIS-Implementierung der gemä§ den Richtlinien 79/409/EWG und 92/43/EWG zu schützenden Lebensräume in den von Niederösterreich nominierten Natura 2000 Gebieten. Endbericht.Im Auftrag der NÖ Landesregierung; 414pp.
- Ellmauer, T. 2001: : Braucht Natura 2000 Forschung? Tagungsband "Forschung im Nationalpark Hohe Tauern": 68-70.
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- Ellmauer, T. 2002: Massnahmen und Eingriffsregelungen für Natura 2000. Österreichische Forstzeitung 113/2: 8-9.
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- Dvorak, M; Ellmauer, T. & Sachslehner, L. 2002: Erhaltungsziele in den Natura 2000-Gebieten Niederösterreichs. Im Auftrag der NÖ Landesregierung, 214pp.
- Ellmauer, T. 2002: Untersuchung der Wegtrasse Zistelrunde in Hinblick auf die Beeinträchtigung betroffener Ökosysteme und allfälliger Ausgleichsma§nahmen vor dem Hintergrund EU-rechtlicher Bestimmungen. Im Auftrag der Stadt Salzburg, 15 pp.
- Ellmauer, T. 2002: Bewertung von Trassenvarianten der Donaubrücke Klosterneuburg aus der Sicht des EU-Naturschutzes. Im Auftrag der NÖ Landesregierung, 9pp.
- Ellmauer, T. 2002: Nationale Bewertung der FFH-Gebiete in der alpinen biogeographischen Region Österreichs. Umweltbundesamt. 11pp. + Anhang.
- Ellmauer, T. 2002: Nationale Bewertung der FFH-Gebiete in der kontinentalen biogeographischen Region Österreichs. Umweltbundesamt. 28pp. + Anhang.
- Ellmauer, T.; Dvorak M.; Sachslehner, L.; Pölz, W. & Baar, A. 2002: Gutachten zu den ökologischen Rahmenbedingungen hinsichtlich FFH- und Vogelschutz-Richtlinie zur geplanten Errichtung einer Untertagedeponie in den KGs Berg und Wolfsthal. Erhebung 2002. Im Auftrag der Entsorgungsbergwerk Wolfsthal Planungs- und Errichtungsgesellschaft m.b.H., 23pp.
- Ellmauer, T. 2004: Bewertung der österreichischen Gebietsvorschläge (proposed Sites of Community Interest) in der kontinentalen biogeographischen Region als Vorbereitung für die bilateralen Gespräche mit der Europäischen Kommission. Manuskript, Umweltbundesamt, 32pp.
- Ellmauer, T. 2004: Bewertung der österreichischen Gebietsvorschläge (proposed Sites of Community Interest) in der kontinentalen biogeographischen Region als Vorbereitung für die bilateralen Gespräche mit der Europäischen Kommission. Umweltbundesamt, 15pp. + Anhang.
- Ellmauer, T. 2004: Present Situation in Austria. In: Nationalpark Hohe Tauern (Ed.), Natura 2000 and Emerald. Implementation in the Alps and the Carpathians. Die Dossiers des Alpienne Netzwerkes 13: 17-18.
- Ellmauer, T. 2004: Ausarbeitung von Erhaltungszielen für das Natura 2000-Gebiet "Tullnerfelder Donauauen" als Beurteilungsgrundlage für Naturverträglichkeitsprüfungen. Band 1: Lebensräume nach Anhang I sowie Schmetterlings-, Amphibien- und Pflanzenarten nach Anhang II. NatureConsult, im Auftrag des BMVIT, 97pp.
- Ellmauer, T. 2004: Naturverträglichkeitsprüfung aus fachlicher Sicht. In: Zanini, E. & Reithmayer, B. (Hrsg.), Natura 2000 in Österreich, 153-156.
- Ellmauer, T. 2004: Der "günstige Erhaltungszustand" der FFH-Richtlinie: Operationalisierung einer Zielvorgabe des EU-Naturschutzes. In: Zanini, E. & Reithmayer, B. (Hrsg.), Natura 2000 in Österreich, 157-163.
- Ellmauer, T. 2004: Good Preservation Condition for Habitats. In: Nationalpark Hohe Tauern (Ed.), Natura 2000 and Emerald. Implementation in the Alps and the Carpathians. Die Dossiers des Alpienne Netzwerkes 13: 87-91.
- Ellmauer, T. (Hg.) (2005): Entwicklung von Kriterien, Indikatoren und Schwellenwerten zur Beurteilung des Erhaltungszustandes der Natura 2000-Schutzgüter. Band 1: Vogelarten des Anhangs I der Vogelschutzrichtlinie. Im Auftrag der neun österreichischen Bundesländer, des Bundesministerium f. Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft und der Umweltbundesamt GmbH, Wien.
- Ellmauer, T. (Hg.) (2005): Entwicklung von Kriterien, Indikatoren und Schwellenwerten zur Beurteilung des Erhaltungszustandes der Natura 2000-Schutzgüter. Band 2: Arten des Anhangs II der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie. Im Auftrag der neun österreichischen Bundesländer, des Bundesministerium f. Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft und der Umweltbundesamt GmbH, Wien.
- Ellmauer, T. (Hg.) (2005): Entwicklung von Kriterien, Indikatoren und Schwellenwerten zur Beurteilung des Erhaltungszustandes der Natura 2000-Schutzgüter. Band 3: Lebensraumtypen des Anhangs I der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie. Im Auftrag der neun österreichischen Bundesländer, des Bundesministerium f. Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft und der Umweltbundesamt GmbH, Wien.
- Ellmauer, T. 2005: Bilanz für den österreichischen Naturschutz anlässlich der 10-jährigen Mitgliedschaft bei der Europäischen Union. Wissenschaft und Umwelt Interdisziplinär 9.
- Ellmauer, T.; Knoll, T.; Pröbstl, U. & Suske, W. 2006: Managementplanungen für Natura 2000 in Österreich. Naturschutz und biologische Vielfalt 26: 269-286.
- Ellmauer, T. & Suske, W. 2005: Aufgaben und Schwierigkeiten bei der Vorprüfung von Projekten. Manuskript.
- Ellmauer, T. (Red.) 2006: Vorstudie für die Erstellung österreichischer Berichte gem. Art. 17 der FFH-Richtlinie. Umweltbundesamt, im Auftrag der Verbindungsstelle der österreichischen Bundesländer.
- Egger, G.; Glatz, S.; Aigner, S.; Angermann, K. & Ellmauer, T. 2006: Schutzgebietsmanagement auf Almen in Natura 2000-Gebieten. Bundesministerium f. Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft, 99pp.
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